立志成為第一流的神奇寶貝大師，小智他們依然繼續踏上旅程。這天，當小智與訓練家的戰鬥結束之後，他們收到一封由快龍送來的神秘招待券。招待券裡面寫著：『你們是最被看好、最有前途的神奇寶貝訓練家，我以最強的神奇寶貝訓練家的身份，邀請你們來參加我的宴會。』「最強的神奇寶貝訓練家？」好奇的小智他們毫不考慮地朝向新島的神奇寶貝城出發！當一行人到達港口時，卻因為天候不佳，前往新島的船隻暫停行駛。港口管理員波佳為了不讓神奇寶貝和他們遭到任何的意外，堅決不讓眾人出航，女警君莎也贊同波佳的看法。
「沒問題！我們有神奇寶貝！」出聲的是一位名叫海男的男孩，他打算搭乘神奇寶貝渡海，而另外兩位訓練家空男和小甜也附和海男的作法，搭乘神奇寶貝渡海。正當小智煩惱無法前往新島之際，港口出現了一艘小船，船上維京人打扮的船家答應在小智他們渡海。正當眾人在海中央之時，突然一個大浪打來，讓操縱小船的船家露出了真面目。什麼？竟然是火箭隊那三個搗蛋鬼！！正當火箭隊要說出那套可愛又迷人的台詞之時，小船竟然被大浪打翻了！小智和小霞趕緊叫出傑尼龜和寶石海星讓眾人緊捉，才不至於被大浪捲走。至於火箭隊嘛……就和從前一樣，「好討厭的感覺啊～」
在到達新島之後，一名長的很像神奇寶貝中心護士喬伊的女子帶領小智一行人前往神奇寶貝城。海男、空男和小甜果然已經到了。當領路的女子介紹最強的神奇寶貝訓家出場時，沒想到出現在眾人面前的竟然是……超夢？
到底誰是最強的神奇寶貝訓練家？最強的神奇寶貝又是誰呢？
應該說，《超夢－我就在這裡》是《超夢的反擊戰》的續篇。還記得那些被複製的小精靈嗎？超夢帶著他們離開了？去那裡了？將在此片中得到答案。作為複製版的寵物小精靈，他們有著自身的悲哀，他們一直在為自己是否是真的生命體而苦惱。就這樣一直隱居下去......
令一方面，火箭隊的頭目仍沒有放送對超夢的搜索，他們找到了超夢的藏身地。不可避免的戰爭又開始了。為了拷貝版的精靈，超夢做了最大的犧牲......這時，又是我們的英雄小智，挽救了大局（儘管看上去什麼也沒做），擊敗了火箭隊...... |
